Gleichzeitig mangele es der Leopoldina-Studie jedoch an wissenschaftlicher Stringenz. Das Thünen-Institut wirft den Kollegen von der Leopoldina vor, von einzelnen, für sich genommen meist schlüssigen Einzelbefunden zu weitreichenden und umfassenden Politikempfehlungen zu springen, "ohne dies im Einzelnen stringent herleiten zu können."
Die Wissenschaftler des Thünen-Instituts verweisen ihrerseits auf das umfassende Gutachten des Wissenschaftlichen Beirats für Agrarpolitik beim Bundeslandwirtschaftsministerium zur Bioenergie aus dem Jahr 2008. Darin sei die Frage nach den Potentialen der Bioenergie eher negativ beantwortet worden. So könne weder der Energiebedarf in Deutschland noch weltweit auch nur annähernd durch Bioenergie gedeckt werden. Kaum positive Beiträge leiste die Förderung der Bioenergie zudem für die nationale Versorgungssicherheit.
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