Die EU-Auflagen im Lebensmittelsicherheits- und Veterinärbereich muss das Balkanland vom ersten Tag an vollumfänglich erfüllen. Hinsichtlich des EU-weiten Verbots der Legehennenhaltung in nicht ausgestalteten Käfigen ab 2012 wurde den kroatischen Eiererzeugern eine einjährige Gnadenfrist eingeräumt. Eier, die nicht im Einklang mit den Gemeinschaftsvorschriften produziert wurden, dürfen solange innerhalb Kroatiens weiter verkauft werden. Eier sind nach Angaben der Kommission eines der wenigen Produkte, bei denen Kroatien nicht auf Importe angewiesen ist, neben Geflügelfleisch, Kartoffeln, Mais, Weizen, Zucker und Wein.
Dagegen bestehen Lücken in der Eigenversorgung mit Rindfleisch und Milch - auch weil die Rindviehbestände während des Balkankrieges Anfang der neunziger Jahre deutlich abgestockt wurden. Die EU-Agrarhandelsbilanz mit Kroatien ist positiv: Für den Zeitraum 2007 bis 2009 betrug der durchschnittliche Überschuss 455 Millionen Euro.
Die Kommission bewertet die Agrarstruktur des Landes als ineffizient: Eine Vielzahl kleiner Familienbetriebe steht einigen staatlichen Großunternehmen gegenüber. Die durchschnittliche Betriebsgröße lag Mitte des Jahrzehnts bei 2,4 Hektar. Trotz eines günstigen Klimas bleibt der Sektor unter anderem deshalb hinter seinen Möglichkeiten zurück.
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