Das Mutterkorn, hervorgerufen durch den Pilz Claviceps purpurea, tritt schon auf, solange es überhaupt Getreidekrankheiten gibt. Bei Mutterkorn handelt es sich um die Dauerform des oben genannten Pilzes, der mehr als 400 Gräserarten einschließlich des Getreides und monokotyler Ungrasarten befallen kann. Die Mutterkorngröße kann von wenigen Millimetern bis zu 6 cm betragen, wobei die Form bei Roggen eher länglich und bei Weizen oder Gerste eher kurz, rund ist.
Das Infektionsrisiko und das Ausmaß des Mutterkornbefalls in Roggen hängen im Wesentlichen von dem Vorhandensein des Inokulums (Sklerotien, Ascosporen und Konidien des Pilzes) und dem Zeitpunkt der Getreide- bzw. Roggenblüte ab. Die Infektionsgefahr ist umso größer, je länger die Roggenblüte andauert. Dies tritt ein, wenn durch ungünstige Witterung (Kühl, regnerisch) die Befruchtung wegen mangelhaften Polenfluges kaum erfolgen kann.
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