Der umweltpolitische Sprecher der SPD-Bundestagsfraktion Matthias Miersch befindet die Lösung als ungenügend. Letztlich führe sie zu einem weiteren Wirrwarr im Rechtssystem durch nebeneinander bestehende Rechtsgrundlagen. Er kritisiert, dass es nun eine Patentverordnung, eine Übersetzungsverordnung und ein zwischenstaatliches Abkommen für ein Patentgerichtssystem gibt.
Wichtige Fragen blieben offen: So hätte zum Beispiel die Schaffung eines Prozesskostehilfemodells dazu geführt, dass kleine Verbände oder zivilgesellschaftliche Organisationen ihre Einspruchs- und Klagerechte im Interesse der Öffentlichkeit vor dem neuen EU-Patentgerichtshof wahrnehmen könnten, ohne sich finanziell zu ruinieren, so Miersch. Auch die Regelungen zum sogenannten Züchterprivileg seien mehrdeutig, sodass fraglich ist, ob die Interessen der Pflanzenzüchter gewahrt sind, frei weiter züchten und forschen zu können, ohne Patentansprüche Dritter zu verletzen.
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